Projekt posodobitve CČN Koper je bil investicijsko opredeljen leta 2022, ko je bila njegova vrednost v dokumentu identifikacije investicijskega projekta (DIIP) ocenjena na približno 910.000 evrov (910.392,63 evra). Avgusta 2024 je bila pripravljena prva novelacija, ki je zajemala rekonstrukcijo električnih instalacij, obnovo centralnega nadzornega sistema, prenovo sistema tehnološke vode in izgradnjo novega prekladališča za odpadke. Stroški ureditve prekladališča za odpadke so bili sprva ocenjeni na 215.714,26 evra, po izvedbi javnega naročila v letu 2024 pa so narasli na 315.831,34 evra.

Junija 2025 je sledila druga novelacija, s katero so v projekt dodali nove sklope: študijo nadgradnje celotne čistilne naprave, rekonstrukcijo kompresorske postaje s šestimi novimi turbo puhali, ureditev manipulativnega platoja, projektno dokumentacijo za napravo za sprejem peska in pripravo dokumentacije za sončno elektrarno v dveh fazah (160 kW in 90 kW). Rekonstrukcija kompresorske postaje se je podražila za 405.000 evrov od prvotne ocene in je bila v drugi novelaciji  ocenjena na 695.000 evrov brez DDV.

Kot je razbrati iz obrazložitve, se je po pridobitvi informativnih ponudb, ki jih je zbrala Marjetica Koper, izkazalo, da realna tržna vrednost znaša 1,1 milijon evrov brez DDV, torej za 405.000 evrov več od prvotne ocene. To odstopanje je sprožilo pripravo tretje novelacije investicijskega programa, po kateri skupna ocenjena vrednost investicije znaša približno 2,33 milijona evrov (2.329.403,06 evra brez DDV).

Po finančni konstrukciji projekta MOK zagotavlja skoraj 1,4 milijona evrov, Občina Izola približno 880.000 evrov, Občina Ankaran pa 61.000 evrov, saj se od leta 2025 dalje stroški delijo v razmerju 58 odstotkov za MOK, 38 odstotkov za Izolo in štiri odstotke za Ankaran.

Dela naj bi bila zaključena do junija 2027, financiranje projekta pa je po veljavni novelaciji predvideno izključno iz proračunov treh obalnih občin.