Vodstva UKC Ljubljana so se od leta 2015 pogosto menjavala, sprva zaradi različnih afer, pozneje pa tudi zato, ker sta dva nekdanja prva moža UKC, Aleš Šabeder in Janez Poklukar, svojo karierno pot nadaljevala kot ministra za zdravje. Med letoma 2013 in 2016 je bila največja bolnišnica v državi več kot dve leti brez generalnega direktorja s polnimi pooblastili.

Marko Jug je po štirih letih vodenja bolnišnice konec avgusta svetu UKC ponudil svoj odstop. To je storil, potem ko je vlada v svetu UKC zamenjala vse štiri predstavnike ustanovitelja, kar je Jug razumel kot "jasno sporočilo".

Jug je osrednjo slovensko bolnišnico sprva vodil kot vršilec dolžnosti generalnega direktorja od septembra 2022, ko je po javnem pozivu takratnega ministra za zdravje Danijela Bešiča Loredana odstopil njegov predhodnik Jože Golobič.

Seznam dosedanjih direktorjev UKC Ljubljana in obdobja njihovih mandatov

Janez Zemljarič – 1968–1973
Zdravko Krvina – 1974–1978
Franc Šifkovič – 1978–1986
Igor Križman – 1987–1991
Primož Rode – 1991–2003
Sergej Hojker (v. d.) – 2003–2004
Franc Hočevar – 2004–2005
Darinka Miklavčič – 2005–2009
Simon Vrhunec – 2009–2013
Simon Vrhunec (v. d.) – 2013–2015
Andrej Baričič (v. d.) – oktober 2015–december 2015
Brigita Čokl (v. d.) – december 2015–maj 2016
Andraž Kopač – maj 2016–december 2017
Aleš Šabeder – januar 2018 (sprva kot v. d.)–marec 2019
Teodor Žepič (v. d.) – marec 2019–julij 2019
Janez Poklukar – julij 2019–februar 2021
Jože Golobič (v. d.) – februar 2021–december 2021
Jože Golobič – december 2021–september 2022
Marko Jug (v. d.) – september 2022–januar 2023
Marko Jug – februar 2023–september 2026
Tomaž Erjavec (v. d.) – od septembra 2026.